Jabatan Laut Malaysia adalah sebuah jabatan Kerajaan yang terletak di bawah Kementerian Pengangkutan Malaysia. Jabatan ini diwujudkan bagi mentadbir urusan perkapalan dan pelabuhan serta hal ehwal maritim di perairan Malaysia.

Suruhanjaya Pelabuhan Pulau Pinang (SPPP) bertanggungjawab terhadap pentadbiran Pelabuhan Pulau Pinang untuk menyedia dan menyelenggarakan kemudahan-kemudahan serta perkhidmatan-perkhidmatan pelabuhan dan feri di Pelabuhan Pulau Pinang di samping mempertingkatkan kemajuan, pembangunan dan penggunaan pelabuhan.

Lembaga Pelabuhan Johor (LPJ) merupakan sebuah badan kawalselia yang mengawalselia operasi di Pelabuhan Pasir Gudang dan operasi di Pelabuhan Tanjung Pelepas di Gelang Patah.

Lembaga Pelabuhan Kelang (LPK) / Lembaga Pelabuhan Melaka merupakan sebuah badan berkanun yang ditubuhkan pada 1 Julai 1963 bagi mengambil alih pentadbiran Pelabuhan Kelang daripada Keretapi Tanah Melayu.

Lembaga Pelabuhan Kuantan / Kemaman ditubuhkan pada 1 September 1974 di bawah Akta Lembaga-Lembaga Pelabuhan, 1963 dan merupakan sebuah Badan Berkanun Persekutuan yang bertanggungjawab kepada Kementerian Pengangkutan.

Lembaga Pelabuhan Bintulu adalah badan kawalselia memainkan peranan yang penting didalam menyokong Pelabuhan Bintulu dalam industri petroleum dan gas Malaysia dan juga sebagai pelabuhan yang menguruskan pelbagai kargo seperti kontena, kargo am, pikal dan lain-lain lagi.

Institut Maritim Malaysia adalah institut yang bertanggungjawab menjalankan kajian yang telah ditetapkan oleh Kerajaan Malaysia berkaitan dengan kepentingan Malaysia di laut dan menjadi focal point untuk penyelidikan dalam sektor maritim.

Pelabuhan Tanjung Pelepas (PTP) bertanggungjawab ke atas operasi Pelabuhan Tanjung Pelepas merangkumi pengendalian kontena mengikut peraturan-peraturan dan undang-undang yang dikeluarkan oleh Kerajaan serta perkhidmatan malim-malim yang cekap bagi menjamin keselamatan di pelabuhan.

Kuantan Port Consortium Sdn. Bhd. bertanggungjawab dalam memangkin pembangunan Koridor Pantai Timur sebagai pusat industri petrokimia.

Northport Berhad adalah operator pelabuhan terbesar di Malaysia, mengendalikan 60% daripada perdagangan.

Penang Port Sdn. Bhd. dilesenkan untuk mengendalikan, mengurus dan menyelenggara kemudahan pelabuhan dan feri serta melaksanakan projek-projek pembangunan.

Bintulu Port Sdn. Bhd (BPSB) memainkan peranan utama dalam menjadikan Pelabuhan Bintulu sebagai Pelabuhan Pengendali LNG bertaraf dunia di samping mengendalikan kargo dari pelbagai jenis lain melalui terminal khusus yang mengendalikan pukal kering , kargo pukal cecair dan kargo kontena.

Johor Port Berhad berperanan menawarkan perkhidmatan yang menyeluruh. Bertanggungjawab mengendalikan kargo dari pelbagai jenis dan keperluan melalui terminal khusus yang mengendalikan pukal dan pukal cerai, kargo pukal cecair dan kargo kontena.

Wesports Sdn. Bhd. memainkan peranan utama dalam usaha Malaysia untuk menyediakan tempat penyimpanan, bunkering, mengendalikan kargo / freight dan kemudahan pelabuhan lain yang berkaitan yang menambah pentingnya Malaysia sebagai link dalam perdagangan maritim global.